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2020年9月16日，日本众参两院举行全体会议，9月14日当选自民党新总裁的菅义伟正式接任安倍晋三，成为日本第99任首相。日本媒体称，这是日本首相7年零8个月以来首次易人。
在众议院462张选票中，自民党的菅义伟获得314票、立宪民主党的枝野幸男获得134票、日本维新会的片山虎之助获得11票、日本希望之党的中山成彬获得2票、自民党的小泉进次郎获得1票。最终，菅义伟经众议院的首相指名选举，正式成为日本第99任首相。
9月16日上午，安倍内阁全体辞职，新一任的菅义伟内阁正式成组。
日本新首相菅义伟决定起用防卫相河野太郎(57岁)担任行政改革和规制改革担当相。世博担当相将由前环境副大臣井上信治(50岁)出任。此外，官房长官将由厚生劳动相加藤胜信(64岁)出任，他曾在安倍内阁担任过官房副长官，对政策相当了解，实务能力好。目前，新冠防疫为当务之急，菅义伟希望任用加藤，建立万全体制。副首相兼财务相麻生太郎(79岁)、外相茂木敏充(64岁)、经济再生担当相西村康稔(57岁)、文部科学相萩生田光一(57岁)、环境相小泉进次郎(39岁)、奥运相桥本圣子(55岁)将留任。其他阁僚方面，田村宪久(55岁)任厚劳相，自民党前宣传总部长平泽胜荣(75岁)任复兴相，国家公安委员长武田良太(52岁)任总务相。前法相上川阳子(67岁)和前国家公安委员长小此木八郎(55岁)再次入阁。此外还将起用众议员平井卓也(62岁)，可能出任数字担当相。经济产业相梶山弘志(64岁)和来自公明党的国土交通相赤羽一嘉(62岁)将留任。防卫相将由首相安倍晋三胞弟、前外务副大臣岸信夫(61岁)出任，与前总务副大臣坂本哲志(69岁)均为首次入阁。官房副长官将起用前总务副大臣坂井学(55岁)，现职副长官、参议员冈田直树(58岁)确定留任。
9月16日下午，日本召开特别国会，自民党总裁菅义伟先后在众议院和参议院全体会议被指名日本首相，正式出任日本第99代首相。目前，菅义伟已经确定内阁成员。接下来，新任官房长官加藤胜信将正式宣布内阁成员名单 。
9月16日晚上，菅义伟与全体内阁成员前往皇居，经过天皇认证之后，菅义伟内阁正式成立。
菅义伟对华态度
据了解，菅义伟之所以能获得较高选票是因为其普通的家庭背景相较于其他政客而言相对比较普通，另外其也曾表示过将会"继承"安倍的政策，而日本民众对安倍的政策也比较满意。因此其能在竞选中获得较高票数。
菅义伟当选日本首相后表示日本正在遭受新冠疫情的重创，经济也处于衰退之中，其将更多的关注国内政治而不是国家安全问题以及美日联盟。他表示自己将继续安倍政府的外交政策，与美国保持友好的关系，对于中国的科技发展的制衡也不会停止。
关于对华政策，菅义伟执政后大的方向不会有什么变化，即在以日美同盟为基轴的框架下推进对华关系的发展。擅长经济政策并重视搞活日本地方经济的菅义伟，未来在两国经济关系领域，其态度可能比安倍更积极主动。菅义伟在安倍内阁下积极推动“观光立国”政策，为此不顾日本法务省和警察厅的反对而在对华签证问题上采取缓和规制以吸引中国游客赴日旅游等措施，由此来看，未来在两国经济关系发展上或可期待。此外，鉴于菅义伟对搞活地方经济的重视，可能会向中国积极推销日本农产品，以扩大对中国的出口。但是，在有关钓鱼岛等问题上，菅义伟可能会展示强硬立场。这或许可以从菅义伟就小笠原群岛出现新岛时发表的感想看出一些端倪。2013年小笠原群岛由于海底火山喷发形成一个直径200米的新岛，在被记者问及有何感想时，菅义伟笑容满面地说：“可以扩大领海。”